เทตรา-เอ็น-เฮกซิลแอมโมเนียมเพอร์คลอเรต ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและอุตสาหกรรมเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาการถ่ายโอนเฟส (phase-transfer catalyst) ซึ่งช่วยถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่ละลายกัน เช่น ตัวทำละลายน้ำและตัวทำละลายอินทรีย์ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพปฏิกิริยาการสังเคราะห์อินทรีย์ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานศึกษาทางอิเล็กโทรเคมี โดยเฉพาะในการเตรียมอิเล็กโทรไลต์สำหรับระบบไร้น้ำ คุณสมบัติความเสถียรและคุณสมบัติไอออนิกทำให้เหมาะสำหรับใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุขั้นสูง รวมถึงการพัฒนาไอออนิกเหลว (ionic liquids) และโพลิเมอร์นำไฟฟ้า นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในสาขาเคมีวิเคราะห์สำหรับโครมาโทกราฟีแบบไอออนคู่ (ion-pair chromatography) เพื่อช่วยแยกและวิเคราะห์ส่วนผสมที่ซับซ้อน