เบนซิลไตรเมทิลแอมโมเนียมคลอไรด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาแบบถ่ายโอนเฟสในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยช่วยในการถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่ละลายกัน ส่งผลให้อัตราการเกิดปฏิกิริยาและผลผลิตเพิ่มขึ้น ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันช่วยในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ โดยช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้ ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ทำหน้าที่เป็นสารปรับผิวนุ่มและสารป้องกันไฟฟ้าสถิต ทำให้เนื้อผ้ามีคุณภาพดีขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารลดแรงตึงผิวประเภทไคโทนิก ซึ่งจำเป็นในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคลสำหรับคุณสมบัติการปรับสภาพและการทำให้เป็นอิมัลชัน นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเป็นสารฆ่าเชื้อชีวภาพ ช่วยควบคุมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์อย่างมีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการเปลี่ยนเอสเทอร์เป็นกรดคาร์บอกซิลิก และเป็นสารช่วยในการละลายในกระบวนการผลิตโพลีเมอร์และเรซิน รวมถึงในอุตสาหกรรมกระดาษเพื่อปรับปรุงคุณภาพและเพิ่มความแข็งแรง