เบนซิลไตรโพรพิลแอมโมเนียมคลอไรด์ใช้หลัก ๆ เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาแบบถ่ายโอนเฟส (phase transfer catalyst) ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยช่วยถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่ละลายกัน เช่น ชั้นน้ำและชั้นอินทรีย์ ทำให้เพิ่มอัตราและประสิทธิภาพของปฏิกิริยา สารนี้มีคุณค่ามากในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ซึ่งช่วยในการก่อตัวของเอเทอร์ เอสเตอร์ และอนุพันธ์อินทรีย์อื่น ๆ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์ยา พรบ.เกษตร และสารเคมีพิเศษ ซึ่งต้องการการควบคุมเงื่อนไขปฏิกิริยาอย่างแม่นยำ บทบาทในฐานะตัวเร่งยังขยายไปถึงกระบวนการพอลิเมอร์ไรเซชัน ช่วยในการผลิตพอลิเมอร์ที่มีคุณสมบัติเฉพาะ