Hexaneammonium iodide ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการเร่งปฏิกิริยาข้ามเฟส (phase-transfer catalysis) ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่ละลายกัน ส่งผลให้ประสิทธิภาพของปฏิกิริยาเพิ่มขึ้น สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมของเหลวไอออนิก (ionic liquids) ซึ่งถูกนำไปใช้ในกระบวนการอุตสาหกรรมต่างๆ เนื่องจากคุณสมบัติตัวทำละลายที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารลดแรงตึงผิว (surfactants) และสารประกอบแอมโมเนียมอื่นๆ ซึ่งมีความสำคัญในน้ำยาล้างทำความสะอาด น้ำยาควบคุมอิมัลชัน และสารกระจายตัว บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์และวิทยาศาสตร์วัสดุทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม