Collagenase IV ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการแยกเซลล์จากเนื้อเยื่อ โดยมีประสิทธิภาพสูงในการย่อยสลายคอลลาเจน ซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของเมทริกซ์นอกเซลล์ ช่วยให้สามารถแยกเซลล์ได้อย่างอ่อนโยนโดยไม่ก่อให้เกิดความเสียหายมากนัก เอนไซม์นี้มักใช้ในการเตรียมเพาะเลี้ยงเซลล์ต้นแบบ โดยเฉพาะสำหรับเซลล์ที่ละเอียดอ่อน เช่น เกาะตับอ่อน (pancreatic islets) เซลล์ตับ (hepatocytes) และเซลล์เยื่อบุ (epithelial cells) ความสามารถในการย่อยคอลลาเจนอย่างเลือกสรรทำให้มีคุณค่าต่อการวิศวกรรมเนื้อเยื่อและการแพทย์ฟื้นฟู ซึ่งช่วยในการกำจัดเซลล์จากเนื้อเยื่อเพื่อเตรียมโครงนั่งร้าน (scaffold) นอกจากนี้ Collagenase IV ยังถูกใช้ในการศึกษาการเคลื่อนไหวของเซลล์ การบุกรุก และการปรับโครงสร้างเมทริกซ์นอกเซลล์ ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพฤติกรรมเซลล์และการพัฒนาเนื้อเยื่อ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในงานวิจัยมะเร็งสำหรับการแยกเซลล์มะเร็งและศึกษาการโต้ตอบกับเมทริกซ์โดยรอบ