คอลลาเจนเอส II ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการแยกเนื้อเยื่อ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการแยกเซลล์จากเนื้อเยื่อสัตว์ มีประสิทธิภาพในการย่อยสลายคอลลาเจน ซึ่งเป็นโปรตีนโครงสร้างหลักในเนื้อเยื่อเกี่ยวพันธ์ ทำให้จำเป็นสำหรับการเตรียมการเพาะเลี้ยงเซลล์ปฐมภูมิ เอนไซม์นี้มักถูกนำไปใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการแยกเซลล์เกาะตับอ่อน การย่อยเนื้อเยื่อกระดูกอ่อน และการแยกเซลล์ประเภทต่างๆ จากเนื้อเยื่อ เช่น ตับ หัวใจ และผิวหนัง ความสามารถในการย่อยสลายคอลลาเจนอย่างเลือกเฉพาะโดยไม่ทำลายเซลล์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการแพทย์ฟื้นฟู การวิจัยมะเร็ง และชีววิทยาการพัฒนา นอกจากนี้ คอลลาเจนเอส II ยังถูกใช้ในสถานพยาบาลสำหรับการกำจัดเนื้อเยื่อเสียหายจากแผล เพื่อช่วยในการรักษาและส่งเสริมการสมานแผล