ไทรปซินจากตับอ่อนหมูถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมี โดยเฉพาะในการย่อยโปรตีนเพื่อแยกแยะและวิเคราะห์โครงสร้างของโปรตีน มักใช้ในกระบวนการแยกเซลล์เพื่อให้ได้เซลล์เดี่ยว ๆ จากเนื้อเยื่อ ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการเพาะเลี้ยงเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อปรับปรุงคุณภาพของผลิตภัณฑ์ เช่น การทำให้เนื้อนุ่มขึ้น และในทางการแพทย์ ไทรปซินถูกใช้ในการรักษาบาดแผลโดยการกำจัดเนื้อเยื่อที่ตายแล้วและกระตุ้นการหายของแผล รวมถึงใช้ในกระบวนการผลิตวัคซีนและยาบางชนิดอีกด้วย