เปปซินเป็นเอนไซม์ที่ใช้ในการย่อยโปรตีน โดยมีบทบาทสำคัญในกระบวนการย่อยอาหารในกระเพาะอาหาร เปปซินทำงานได้ดีในสภาพแวดล้อมที่เป็นกรด ซึ่งช่วยในการสลายโปรตีนซับซ้อนให้เป็นเปปไทด์ขนาดเล็ก ทำให้ร่างกายสามารถดูดซึมสารอาหารได้ง่ายขึ้น เปปซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการผลิตไฮโดรไลเซตโปรตีน ซึ่งเป็นส่วนผสมที่จำเป็นในอาหารเสริมโภชนาการ ผลิตภัณฑ์โภชนาการสำหรับกีฬา และสูตรอาหารเด็ก เช่น การปรับปรุงคุณภาพผลิตภัณฑ์ชีสและการแปรรูปเนื้อสัตว์ ในภาคเภสัชกรรม เปปซินถูกนำมาใช้ในยาเอนไซม์ย่อยอาหารเพื่อรักษาอาการท้องอืดและภาวะ hypochlorhydria ซึ่งกระเพาะอาหารผลิตกรดไม่เพียงพอ นอกจากนี้ เปปซินยังมีบทบาทในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนและการทำแผนที่เปปไทด์ ช่วยนักวิทยาศาสตร์ศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน เปปซินยังถูกใช้ในอุตสาหกรรมหนังเพื่อกำจัดขนและเนื้อเยื่อเศษซาก จากหนังสัตว์ในกระบวนการฟอกหนัง ให้ผลิตภัณฑ์ปลายทางที่สะอาดและมีคุณภาพสูงกว่า