เปปซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการผลิตไฮโดรไลเซตโปรตีน ซึ่งจำเป็นในการสร้างอาหารเสริม สูตรนมสำหรับเด็ก และผลิตภัณฑ์โภชนาการสำหรับกีฬา มันช่วยในการย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ขนาดเล็ก เพิ่มความสามารถในการย่อยและคุณค่าทางโภชนาการ ในภาคเภสัชกรรม เปปซินถูกใช้ในการเตรียมอาหารเสริมเอนไซม์ย่อยอาหารเพื่อรักษาสภาพเช่นอาการอาหารไม่ย่อยและกรดในกระเพาะต่ำ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในงานวิจัยห้องปฏิบัติการสำหรับการย่อยโปรตีนในการศึกษาทางชีวเคมีและการวิเคราะห์โปรตีน ความสามารถในการตัดโปรตีนที่ตำแหน่งเฉพาะทำให้มีคุณค่าในแอปพลิเคชันชีวเทคโนโลยีต่างๆ รวมถึงการผลิตเปปไทด์ชีวภาพ