เปปซินถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการผลิตโปรตีนไฮโดรไลเซต ซึ่งจำเป็นในการสร้างผลิตภัณฑ์เสริมอาหาร สูตรอาหารเด็ก และผลิตภัณฑ์เนื้อสัตว์แปรรูปเพื่อเพิ่มความนุ่มและความย่อยง่าย มันช่วยย่อยโปรตีนซับซ้อนให้เป็นเปปไทด์และกรดอะมิโนที่ย่อยง่ายกว่า ทำให้มีคุณค่าแก่ผู้ที่มีปัญหาการย่อยอาหารหรือต้องการการดูดซึมโปรตีนที่ง่ายขึ้น แม้ไม่ใช่หลัก แต่เปปซินสามารถสนับสนุนกระบวนการแข็งตัวของชีสเมื่อใช้ร่วมกับเอนไซม์อื่น

ในภาคเภสัชกรรม เปปซินถูกนำมาใช้ในการเตรียมยาบางชนิด โดยเฉพาะที่ออกแบบมาเพื่อรักษาปัญหาการย่อยอาหาร มันเป็นส่วนประกอบหลักในอาหารเสริมเอนไซม์ย่อยอาหาร ช่วยปรับปรุงการย่อยโปรตีนและบรรเทาอาการของภาวะเช่น hypochlorhydria หรืออาการท้องอืด

นอกจากนี้ เปปซินยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยห้องปฏิบัติการ เพื่อศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน โดยใช้ในการทดลองย่อยโปรตีนเพื่อวิเคราะห์ชิ้นส่วนเปปไทด์ ช่วยในการทำความเข้าใจพฤติกรรมและปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน

ในอุตสาหกรรมหนัง เปปซินถูกใช้ในกระบวนการกำจัดขนและบาตติ้งของหนังสัตว์ ซึ่งช่วยขจัดขนและโปรตีนที่ไม่ต้องการ เตรียมหนังสำหรับการฟอก

โดยรวมแล้ว ความสามารถของเปปซินในการย่อยโปรตีนอย่างมีประสิทธิภาพทำให้เป็นเอนไซม์ที่หลากหลายในอุตสาหกรรมต่างๆ ตั้งแต่อาหารและเภสัชกรรมไปจนถึงการวิจัยและการผลิต