ไฮโปแซนทีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์ โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ มันมีบทบาทสำคัญในอาหารเพาะเลี้ยงเซลล์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนเสริมเพื่อสนับสนุนการเจริญเติบโตของเซลล์บางสายพันธุ์ โดยเฉพาะเซลล์ที่ต้องการเส้นทางกู้คืนพูรีน

ในการวินิจฉัยทางการแพทย์ ไฮโปแซนทีนเป็นตัวบ่งชี้ชีวภาพสำหรับประเมินภาวะขาดออกซิเจนในเนื้อเยื่อและภาวะขาดเลือด เนื่องจากระดับของมันจะเพิ่มขึ้นในสภาวะขาดออกซิเจน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตยา รวมถึงยาที่เล็งเป้าไปที่โรคเกาต์และความผิดปกติทางเมแทบอลิซึมอื่นๆ โดยการมีอิทธิพลต่อการเมแทบอลิซึมของพูรีน

ในอุตสาหกรรมอาหาร ไฮโปแซนทีนถูกตรวจสอบในฐานะตัวบ่งชี้ความสดของอาหารทะเล เนื่องจากการสะสมของมันสัมพันธ์กับการเน่าเสีย การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปถึงเอนไซมวิทยา ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับเอนไซม์เช่น แซนทีนออกซิเดส ช่วยในการศึกษาปฏิกิริยาเอนไซม์และการพัฒนายับยั้ง

นอกจากนี้ ไฮโปแซนทีนยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาด้านพันธุศาสตร์และชีวเคมี