Rifamycin S ใช้หลักในการผลิตยาปฏิชีวนะกึ่งสังเคราะห์ โดยเฉพาะ rifampicin ซึ่งเป็นยาสำคัญในการรักษาวัณโรค (TB) มันทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์ RNA ของแบคทีเรีย ทำให้มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด นอกจากนี้ Rifamycin S ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกการทำงานและพัฒนายาต้านจุลินทรีย์ใหม่ สารอนุพันธ์ของมันยังถูกใช้ในการรักษาการติดเชื้ออื่นๆ เช่น โรคเรื้อนและบางชนิดของเยื่อหุ้มสมองอักเสบ