Mitoxantrone hydrochloride ใช้หลักในการรักษาโรคมะเร็งบางชนิด รวมถึงมะเร็งเม็ดเลือดขาวเฉียบพลัน (acute myeloid leukemia), มะเร็งต่อมน้ำเหลืองแบบ non-Hodgkin's, และมะเร็งเต้านม โดยยาจะรบกวน DNA ในเซลล์มะเร็ง ป้องกันการเจริญเติบโตและการแบ่งตัว นอกจากนี้ ยังใช้ในการจัดการโรคปลอกประสาทเสื่อมแข็ง (multiple sclerosis) โดยเฉพาะเพื่อลดความถี่ของการกำเริบและชะลอความก้าวหน้าของโรคในผู้ป่วยที่มีอาการแย่ลง ยานี้ให้ทางหลอดเลือดดำภายใต้การดูแลทางการแพทย์ เนื่องจากมีฤทธิ์แรงและผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น หัวใจเป็นพิษ (cardiotoxicity) และการกดการสร้างเม็ดเลือด (bone marrow suppression) การตรวจสอบการทำงานของหัวใจและจำนวนเม็ดเลือดเป็นประจำจำเป็นระหว่างการรักษาเพื่อลดความเสี่ยง