(S)-Omeprazole Magnesium Dihydrate ใช้หลักในฐานะตัวยับยั้งปั๊มโปรตอนเพื่อลดการผลิตกรดในกระเพาะอาหาร มีประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคกรดไหลย้อน (GERD), แผลในกระเพาะอาหาร, และกลุ่มอาการ Zollinger-Ellison รูปแบบ (S)-enantiomer ให้ความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและประสิทธิภาพที่ดีกว่าผสม racemic มักสั่งจ่ายสำหรับการจัดการระยะยาวของโรคที่เกี่ยวข้องกับกรด และช่วยรักษาเยื่ออาหารอักเสบจากกรด นอกจากนี้ ยังใช้ร่วมกับยาปฏิชีวนะเพื่อกำจัดเชื้อ Helicobacter pylori รูปแบบเกลือแมกนีเซียมช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึม ทำให้เหมาะสำหรับสูตรยารับประทาน นอกจากนี้ ยังใช้ป้องกันแผลในกระเพาะอาหารที่อาจเกิดจากการใช้ยา NSAIDs เป็นประจำ