Pepsin 1:3000 ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับการผลิตไฮโดรไลเซตโปรตีน ซึ่งจำเป็นในการสร้างอาหารเสริม สูตรอาหารเด็ก และผลิตภัณฑ์โภชนาการสำหรับนักกีฬา ความสามารถในการย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์ขนาดเล็กทำให้มีคุณค่าในการปรับปรุงการย่อยและเสริมสร้างโปรไฟล์รสชาติในผลิตภัณฑ์อาหารต่างๆ ในภาคเภสัชกรรม ถูกใช้ในการปรุงยาช่วยย่อยและยารักษาโรคเช่นอาการท้องอืดและกรดในกระเพาะต่ำ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในงานวิจัยทางชีวเคมีสำหรับศึกษากลไกโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ช่วยในการพัฒนายาใหม่ๆ การประยุกต์ใช้ในกระบวนการผลิตหนังเกี่ยวข้องกับการกำจัดโปรตีนที่เหลือจากหนังสัตว์ เพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่สะอาดและละเอียดอ่อนยิ่งขึ้น