อะโพรตินินถูกใช้อย่างแพร่หลายในทางการแพทย์และการผ่าตัดเพื่อยับยั้งเอนไซม์โปรตีโอลิติก มักใช้ระหว่างการผ่าตัดหัวใจเพื่อลดการเสียเลือดและความจำเป็นในการถ่ายเลือดโดยป้องกันการสลายของฟิบริน ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในการก่อตัวของลิ่มเลือด นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาภาวะตับอ่อนอักเสบเฉียบพลันเพื่อยับยั้งทริปซินและโปรติเอสอื่นๆ ที่ทำให้เกิดความเสียหายต่อเนื้อเยื่อ ในงานวิจัย อะโพรตินินทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งโปรติเอสในห้องปฏิบัติการเพื่อรักษาเสถียรภาพของตัวอย่างโปรตีนและป้องกันการย่อยสลาย การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปถึงการปลูกถ่ายอวัยวะ ซึ่งช่วยลดความเสียหายจากขาดเลือดและเพิ่มอัตราการรอดของอวัยวะที่ปลูกถ่าย