โทรปีนใช้หลักในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบยาต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับยาต้านโคลิเนอร์จิก ซึ่งใช้รักษาอาการเมารถ สะเก็ดล้านในทางเดินอาหาร และโรคทางระบบประสาทบางชนิด เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับอัลคาลอยด์ตโรเพนอื่นๆ โทรปีนยังเกี่ยวข้องในการเตรียมอนุพันธ์ที่มีศักยภาพในการใช้ในจักษุวิทยา เช่น สารขยายม่านตาที่ใช้ในการตรวจตา นอกจากนี้ยังมีบทบาทในงานวิจัยสำหรับศึกษาการจับตัวรับและการทำงานของระบบประสาท ประโยชน์ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพใหม่และสำรวจความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมในการออกแบบยา