ใช้ในงานแยกสารชีวโมเลกุล เช่น การแยกดีเอ็นเอ หรืออาร์เอ็นเอ จากตัวอย่างชีวภาพ เนื่องจากผิวของซิลิกาสามารถดัดแปลงให้จับกับโมเลกุลเฉพาะได้ ทำให้แยกสารเป้าหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพ

นิยมใช้ในระบบตรวจสอบเชื้อโรคหรือไวรัสในตัวอย่างเลือดหรือของเหลวในร่างกาย เพราะสามารถแยกและเข้มข้นตัวอย่างได้เร็ว ช่วยเพิ่มความไวในการตรวจวิเคราะห์

นำไปใช้ในงานบำบัดด้วยยาแบบเจาะจงเป้าหมาย โดยเคลือบอนุภาคเหล่านี้ด้วยสารที่จับเฉพาะกับเซลล์เป้าหมาย เช่น เซลล์มะเร็ง แล้วใช้สนามแม่เหล็กนำส่งยาไปยังตำแหน่งที่ต้องการได้ โดยการเคลือบซิลิกาช่วยป้องกันการรวมตัวของแกนแม่เหล็กและอำนวยความสะดวกในการดัดแปลง

ยังใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเสีย โดยดักจับโลหะหนักหรือสารปนเปื้อนอินทรีย์ แล้วแยกออกด้วยแม่เหล็ก ทำให้การบำบัดมีประสิทธิภาพและง่ายต่อการกำจัดสารพิษ

ใช้ในงานเร่งปฏิกิริยาเคมีเป็นตัวพยุงที่สามารถกู้คืนด้วยแม่เหล็ก ทำให้แยกตัวเร่งปฏิกิริยาและนำกลับมาใช้ใหม่ได้ง่าย

ยังพบการใช้ในเทคโนโลยีการถ่ายภาพ โดยเฉพาะเป็นสารคอนทราสต์ใน MRI เมื่อดัดแปลงให้เหมาะสม