ใช้เป็นสารออกฤทธิ์ในยาถ่ายพยาธิ โดยเฉพาะพยาธิเข็มหมุด (Enterobius vermicularis) และพยาธิตัวกลม (Ascaris lumbricoides) มีฤทธิ์ทำให้พยาธิเป็นอัมพาต ส่งผลให้ร่างกายขับพยาธิออกทางอุจจาระตามธรรมชาติ มักใช้ในยาถ่ายพยาธิสำหรับเด็กเนื่องจากมีความปลอดภัยสูง นอกจากนี้ยังใช้ร่วมกับยาอื่นเพื่อครอบคลุมพยาธิชนิดอื่นได้กว้างขึ้น พิเปอราซีน ซิเตรต ไฮเดรต เป็นสารเคมีพิเศษที่ใช้หลักในฐานะสารกลางทางเภสัชกรรมและสารออกฤทธิ์ในยาถ่ายพยาธิ