ใช้โปรตามีนซัลเฟตในการรักษาภาวะเลือดออกผิดปกติที่เกิดจากเฮพารินเกินขนาด โดยโปรตามีนจะจับกับเฮพารินและทำให้ฤทธิ์ของเฮพารินหมดไปอย่างรวดเร็ว จึงช่วยให้เลือดแข็งตัวตามปกติ นิยมใช้ในหัตถการที่ต้องใช้เฮพาริน เช่น การผ่าตัดหัวใจและหลอดเลือด การฟอกเลือดด้วยเครื่องไตเทียม การถ่ายเลือด หรือในผู้ป่วยที่ได้รับเฮพารินแล้วเกิดเลือดออก โปรตามีนซัลเฟตอาจใช้ร่วมกับอินซูลินในบางกรณีเพื่อช่วยชะลอการดูดซึมอินซูลิน แต่การใช้ในลักษณะนี้ไม่ค่อยพบบ่อยนัก นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาวิจัยเพื่อใช้ในระบบส่งยีน และเป็นสาร стабилизаторในสูตรอินซูลินบางชนิด เนื่องจากความสามารถในการจับตัวกับกรดนิวคลีอิกและโปรตีน