ใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนายา รวมถึงการควบคุมคุณภาพของเมโธเทรกเสต โดยสารตัวนี้ทำหน้าที่เป็นสารอ้างอิงในการวิเคราะห์สิ่งปนเปื้อนหรือผลพลอยได้ที่เกิดขึ้นระหว่างการผลิตยา เพื่อให้มั่นใจในความบริสุทธิ์ ความปลอดภัย และประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์ยาที่ออกสู่ตลาด นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาพฤติกรรมทางเคมีและเสถียรภาพของเมโธเทรกเสตในสภาวะต่าง ๆ