ใช้ในการรักษาโรคเอดส์ (AIDS) และการติดเชื้อ HIV โดยอินดินาเวียร์เป็นยับยั้งโปรตีเอส (protease inhibitor) ซึ่งทำงานโดยการป้องกันการทำงานของเอนไซม์โปรตีเอสที่ไวรัส HIV ต้องใช้ในการแพร่พันธุ์ ทำให้ไวรัสไม่สามารถสร้างไวรัสลูกใหม่ที่สมบูรณ์ได้ ส่งผลให้ปริมาณไวรัสในร่างกายลดลง และช่วยรักษาภูมิคุ้มกันให้คงอยู่ ยานี้มักใช้ร่วมกับยาต้านไวรัสอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา และลดโอกาสที่ไวรัสจะดื้อยา