ใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับสารสื่อประสาทและฮอร์โมนที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของพืช เช่น ออกซิน (auxin) ซึ่งอินโดล-3-คาร์บอกซิลิก แอซิดมีโครงสร้างคล้ายคลึงกับสารเหล่านี้ จึงสามารถใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวยับยั้งในการทดลองเพื่อศึกษาบทบาทของสารชีวโมเลกุลในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินโดลชนิดอื่นที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ หรือสารต้านอนุมูลอิสระ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมีที่สร้างสารใหม่ที่มีโครงสร้างซับซ้อน ในบางกรณี ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับฤทธิ์ทางชีวภาพของตัวมันเอง เช่น ฤทธิ์ต้านการอักเสบ หรือการป้องกันความเสียหายของเซลล์จากความเครียดออกซิเดทีฟ ซึ่งอาจนำไปพัฒนาเป็นสารออกฤทธิ์ในผลิตภัณฑ์สุขภาพหรือเครื่องสำอางในอนาคต