ไฮโดรซิโอโคบาลามิน ใช้เป็นยาต้านพิษสำหรับการเป็นพิษจากไซยาไนด์ โดยจะทำปฏิกิริยากับไซยาไนด์ในร่างกายและเปลี่ยนให้เป็นไซยาโนโคบาลามิน ซึ่งเป็นสารที่ไม่เป็นพิษและสามารถขับออกทางปัสสาวะได้ จึงนิยมใช้ในกรณีฉุกเฉินเมื่อผู้ป่วยสัมผัสกับไซยาไนด์ในระดับอันตราย เช่น จากอุบัติเหตุไฟไหม้หรือการสัมผัสสารอุตสาหกรรมที่มีไซยาไนด์ นอกจากนี้ยังใช้รักษาภาวะขาดวิตามินบี12 โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีปัญหาการดูดซึมวิตามินบี12 จากอาหาร รวมถึงผู้ที่เป็นโรคโลหิตจางจากการขาดวิตามินบี12 หรือผู้ที่มีประวัติผ่าตัดกระเพาะอาหารหรือลำไส้ ซึ่งอาจทำให้ร่างกายดูดซึมวิตามินได้ไม่เพียงพอ