ฮิพอแอนทีนถูกใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมชีวภาพและยา ฮิพอแอนทีนเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์กรดนิวคลีอิก และใช้ในการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกัน เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้เป็นส่วนประกอบในสื่อเพาะเลี้ยงเซลล์ เพื่อช่วยในการเจริญเติบโตของเซลล์สัตว์ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตวัคซีนและโปรตีนทางการแพทย์ ในอุตสาหกรรมอาหาร ฮิพอแอนทีนสามารถพบได้ในอาหารที่ผ่านการหมัก และมีบทบาทในการเพิ่มรสชาติอูมามิ ซึ่งช่วยเสริมความกลมกลืนของรสชาติอาหาร นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาเส้นทางการเผาผลาญของพิวรีน และการกลายพันธุ์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับโรคบางชนิด