ใช้เฮพารินโซเดียมในการป้องกันและรักษาการเกิดลิ่มเลือดในหลอดเลือด เช่น ภาวะลิ่มเลือดอุดหลอดเลือดดำ หรือลิ่มเลือดอุดหลอดปอด มักใช้ในผู้ป่วยที่นอนโรงพยาบาล หรือผู้ที่อยู่ในภาวะเสี่ยงสูง เช่น หลังการผ่าตัด หรือขณะได้รับการฟอกเลือดด้วยเครื่องไตเทียม เฮพารินทำงานโดยยับยั้งการแข็งตัวของเลือด ทำให้เลือดไม่จับตัวเป็นก้อนง่าย ใช้โดยการฉีดเข้าใต้ผิวหนังหรือให้ทางหลอดเลือดดำ ต้องใช้ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเพราะอาจทำให้เกิดเลือดออกได้หากใช้มากเกินไป