ใช้ในการรักษามะเร็งหลายชนิด โดยเฉพาะมะเร็งปอดชนิดเซลล์เล็ก มะเร็งอัณฑะ และมะเร็งในระบบเลือด เช่น ลูคีเมียและลิมโฟมา ออกฤทธิ์โดยยับยั้งเอนไซม์ท็อพอิสเมอเรส II ซึ่งจำเป็นต่อการซ่อมแซมและจำลองดีเอ็นเอของเซลล์ ทำให้เซลล์มะเร็งไม่สามารถแบ่งตัวได้และตายลง เอโตพอไซด์มักใช้ร่วมกับยาเคมีบำบัดอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา สามารถให้ทางหลอดเลือดดำหรือทางปาก ขึ้นอยู่กับประเภทของโรคมะเร็งและแผนการรักษา