cidofovir ใช้เป็นยาต้านไวรัส โดยเฉพาะสำหรับรักษาการติดเชื้อไวรัสไซโคลเมกา (Cytomegalovirus; CMV) ในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์ โดยมักใช้รักษา CMV ที่จอประสาทตา (CMV retinitis) ซึ่งอาจนำไปสู่การสูญเสียการมองเห็นหากไม่ได้รับการรักษา ยา cidofovir ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการจำลองตัวของดีเอ็นเอของไวรัส ทำให้ไวรัสไม่สามารถแพร่พันธุ์ได้ ยาตัวนี้มักให้ทางหลอดเลือด (intravenous) เนื่องจากดูดซึมทางเดินอาหารได้น้อย นอกจากนี้ cidofovir ยังมีการศึกษาในกรณีการติดเชื้อไวรัสอื่นที่เกี่ยวข้องกับดีเอ็นเอ เช่น ไวรัสที่ก่อให้เกิดหูดที่อุ้งเท้า (poxvirus) รวมถึงการใช้ในภาวะฉุกเฉินหรือการรักษาพิเศษเมื่อวิธีอื่นไม่ได้ผล อย่างไรก็ตาม ยาตัวนี้มีผลข้างเคียงที่สำคัญ โดยเฉพาะความเป็นพิษต่อไต จึงจำเป็นต้องให้ยาพร้อมกับ probenecid และการให้น้ำเกลือล่วงหน้าเพื่อลดความเสี่ยง