ใช้เชลเลอริทรีน คลอไรด์เป็นสารยับยั้งการทำงานของโปรตีนคินาสซี (Protein Kinase C) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในเส้นทางสัญญาณของเซลล์ ทำให้มันถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษากระบวนการต่างๆ เช่น การแบ่งเซลล์ การอักเสบ และการตายของเซลล์

มีการศึกษาว่าเชลเลอริทรีน คลอไรด์แสดงฤทธิ์ต้านจุลชีพ ทั้งต่อแบคทีเรียและเชื้อรา รวมถึงมีฤทธิ์ต้านไวรัสในบางกรณี นอกจากนี้ยังพบว่ามีศักยภาพในการต้านมะเร็ง เนื่องจากสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งหลายชนิด และส่งเสริมการตายของเซลล์แบบโปรแกรม (apoptosis)

ในงานวิจัยด้านประสาทวิทยา สารนี้ถูกใช้เพื่อศึกษาบทบาทของโปรตีนคินาสซีในกระบวนการเรียนรู้ ความจำ และพฤติกรรม อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีพิษต่อเซลล์ในระดับสูง จึงไม่ถูกใช้ในทางการแพทย์โดยตรง แต่ยังคงเป็นเครื่องมือสำคัญในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล

มักถูกนำมาใช้ในงานทดสอบแบบฟลูออเรสเซนส์ เนื่องจากมีคุณสมบัติเรืองแสงตามธรรมชาติ ซึ่งช่วยในการตรวจจับและระบุตำแหน่งภายในเซลล์