อะโพโทนินถูกใช้อย่างแพร่หลายในฐานะยับยั้งการสลายฟิบรินในสถานการณ์การผ่าตัดเพื่อลดการสูญเสียเลือดระหว่างขั้นตอนที่มีการเลือดออกมาก เช่น การผ่าตัดหัวใจด้วยเครื่องไหลเวียนเลือดปอดและหัวใจ การปลูกถ่ายตับ และการผ่าตัดกระดูกใหญ่ มันทำงานโดยยับยั้งพลาสมิน ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่รับผิดชอบในการสลายลิ่มเลือด จากนั้นช่วยรักษาความเสถียรของลิ่มเลือดและลดความจำเป็นในการถ่ายเลือด

นอกจากการใช้ในการดำเนินการแล้ว อะโพโทนินยังถูกนำมาใช้ในเซลล์เพาะเลี้ยงและเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อปกป้องโปรตีนจากการย่อยสลายโดยเอนไซม์โปรติโอลิติก มันมักถูกเพิ่มเข้าไปในบัฟเฟอร์สกัดโปรตีนเพื่อป้องกันการย่อยโปรตีนที่ไม่ต้องการ

อะโพโทนินยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาบทบาทของเซรีนโพรทีสในกระบวนการทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยา รวมถึงการอักเสบ ความถี่ของหลอดเลือด และการลุกลามของเนื้องอก แม้จะมีประโยชน์ แต่การใช้ทางคลินิกถูกจำกัดในบางภูมิภาคเนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของการทำงานของไตผิดปกติและภาวะแทรกซ้อนทางหลอดเลือดหัวใจและหลอดเลือด ทำให้ต้องคัดเลือกผู้ป่วยอย่างระมัดระวังและติดตามอย่างใกล้ชิดเมื่อใช้