ใช้แอโปรตินินเป็นสารยับยั้งเอนไซม์โปรตีเอส โดยเฉพาะเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการละลายลิ่มเลือด เช่น ทริปซิน และพลัสมิน จึงนิยมใช้ในหัตถการผ่าตัดที่มีความเสี่ยงต่อการสูญเสียเลือดมาก เช่น การผ่าตัดหัวใจแบบเปิดหรือการผ่าตัดเปลี่ยนข้อเทียม เพื่อลดการเสียเลือดระหว่างและหลังผ่าตัด ช่วยลดความจำเป็นในการถ่ายเลือด นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อควบคุมการย่อยสลายของโปรตีนในเซลล์หรือในตัวอย่างชีวภาพ และบางครั้งใช้ในการรักษาภาวะลิ่มเลือดในหลอดเลือดที่ไม่ปกติ โดยเฉพาะในกรณีที่มีการสลายลิ่มเลือดมากผิดปกติ