ซาควินาเวียร์ เมซิเลตใช้ในการรักษาการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี (HIV) โดยเป็นส่วนหนึ่งของยาต้านไวรัสที่เรียกว่ายาต้านรีโทรไวรัส (ART) ยานี้ช่วยยับยั้งเอนไซม์โปรตีเอสของไวรัส ทำให้ไวรัสไม่สามารถแบ่งตัวและแพร่กระจายในร่างกายได้ มักใช้ร่วมกับยาต้านไวรัสอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมการติดเชื้อ และลดปริมาณไวรัสในเลือดให้อยู่ในระดับที่ตรวจไม่พบ นอกจากนี้ยังช่วยชะลอการพัฒนาของโรคเอดส์ และเสริมสร้างระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วย การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างเคร่งครัด เพื่อป้องกันผลข้างเคียงและความต้านทานต่อยา