วานโคมัยซินถูกใช้หลักๆ เป็นยาปฏิชีวนะในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียรุนแรงที่เกิดจากแบคทีเรียแกรมบวก โดยเฉพาะเชื้อที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะอื่นๆ มักให้ทางหลอดเลือดดำสำหรับภาวะเช่น การติดเชื้อผิวหนังซับซ้อน การติดเชื้อในกระแสเลือด เอ็นโดการ์ไดติส การติดเชื้อกระดูกและข้อ และเยื่อหุ้มสมองอักเสบ ในกรณีที่ผู้ป่วยแพ้เพนิซิลลินหรือเซฟาโลสปอรินอย่างรุนแรง วานโคมัยซินเป็นทางเลือกที่สำคัญ นอกจากนี้ยังใช้ป้องกันการติดเชื้อในระหว่างการผ่าตัดบางชนิด โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงต่อการติดเชื้อ Staphylococcus aureus ที่ดื้อต่อเมทิซิลลิน (MRSA) นอกจากนั้น วานโคมัยซินมีประสิทธิภาพในการรักษาท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับ Clostridioides difficile เมื่อรับประทานทางปาก เนื่องจากออกฤทธิ์เฉพาะที่ในทางเดินอาหารโดยไม่มีการดูดซึมเข้าสู่ระบบมากนัก การใช้ยาต้องได้รับการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดเนื่องจากผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น พิษต่อไตและสูญเสียการได้ยิน และเพื่อให้มั่นใจในขนาดยาที่เหมาะสมสำหรับประสิทธิภาพการรักษา