ไพเพอราซีนถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมยาในฐานะยาถ่ายพยาธิเพื่อรักษาการติดเชื้อหนอนปรสิตในมนุษย์และสัตว์ โดยทำงานผ่านการทำให้พยาธิเป็นอัมพาตเพื่อให้สามารถขับออกจากร่างกายได้ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ รวมถึงยาต้านฮิสตามีน ยารักษาโรคจิต และยาต้านอาการซึมเศร้า

ในอุตสาหกรรมเคมี ไพเพอราซีนถูกนำมาใช้ในการผลิตสารยับยั้งการกัดกร่อน โพลิเมอร์ และสารลดแรงตึงผิว นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการผลิตตัวเร่งยางและเป็นสารยึดเกาะในเรซินอีพ็อกซี่ ความหลากหลายทำให้เป็นสารประกอบที่มีคุณค่าทั้งในด้านการแพทย์และอุตสาหกรรม