อินโดล-3-คาร์บอกซิลิกแอซิดถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลที่ขึ้นอยู่กับอินโดล ซึ่งมีกิจกรรมทางชีวภาพที่หลากหลาย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษากฎระเบียบการเจริญเติบโตของพืชและเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร บทบาทในงานวิจัยยังครอบคลุมการตรวจสอบปฏิกิริยาเอนไซม์และเส้นทางเมแทบอลิซึม โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์อินโดล