อินดิโกทินถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นสีย้อมผ้า โดยเฉพาะผ้าฝ้ายและผ้าลินิน รวมถึงผ้าเดนิม ซึ่งให้สีน้ำเงินเข้มที่คงทนและสวยงาม สารอนุพันธ์ของอินดิโกทินที่เรียกว่า อินดิโกคาร์มีน ถูกใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเป็นสีผสมอาหาร (E132) เพื่อเพิ่มสีสันให้กับผลิตภัณฑ์ เช่น ลูกอม เครื่องดื่ม และขนมหวาน นอกจากนี้ อินดิโกคาร์มีนยังถูกนำมาใช้ในการย้อมสีทางชีวภาพสำหรับกล้องจุลทรรศน์เพื่อเน้นโครงสร้างเฉพาะในเซลล์และเนื้อเยื่อ อินดิโกทินบริสุทธิ์มีคุณสมบัติคงทนและไม่เป็นพิษ ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในเครื่องสำอาง เช่น สีผม และยังถูกนำมาใช้ในงานศิลปะและการพิมพ์ เพื่อสร้างสีน้ำเงินที่มีเอกลักษณ์เฉพาะตัว