ใช้เป็นสีย้อมผ้าและสิ่งทอ โดยเฉพาะผ้าฝ้าย ให้สีน้ำเงินเข้มหรือสีคราม เป็นที่นิยมในการย้อมผ้าจี๊นส์และผ้าเดนิม นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตหมึก สีทาบ้าน และย้อมกระดาษ ในงานวิจัยทางชีวภาพและเคมี ใช้เป็นสารย้อมสีสำหรับการวิเคราะห์ทางจุลทรรศนศาสตร์ เนื่องจากมีสีที่ชัดเจนและเสถียร คุณสมบัติไม่เป็นพิษและความหลากหลายทำให้เป็นสารประกอบที่มีคุณค่าในงานอุตสาหกรรมและวิทยาศาสตร์ หมายเหตุ สารอนุพันธ์ที่ละลายน้ำได้ เช่น อินดิโกคาร์มีน (E132) ใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเป็นสีน้ำเงินธรรมชาติ