อาร์ทีมิซินินถูกใช้อย่างกว้างขวางในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะการติดเชื้อจาก Plasmodium falciparum ซึ่งดื้อต่อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ มันเป็นส่วนประกอบหลักใน Artemisinin-based Combination Therapies (ACTs) ซึ่งองค์การอนามัยโลกแนะนำให้เป็นการรักษาระดับแรกสำหรับมาลาเรียที่ไม่ซับซ้อน สารนี้ทำงานโดยการผลิตอนุมูลอิสระที่ทำลายปรสิตมาลาเรีย นำไปสู่การตายของมัน นอกเหนือจากมาลาเรีย การวิจัยกำลังสำรวจศักยภาพในการรักษาโรคอื่นๆ รวมถึงมะเร็งบางชนิด เนื่องจากความสามารถในการเหนี่ยวนำ apoptosis ในเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ อาร์ทีมิซินินยังแสดงแนวโน้มในการจัดการกับภาวะเช่น schistosomiasis และการติดเชื้อไวรัสบางชนิด แม้ว่าการประยุกต์เหล่านี้ยังอยู่ในการตรวจสอบ สารอนุพันธ์ของมัน เช่น artesunate และ artemether ก็ถูกใช้ในบริบทการรักษาต่างๆ เพิ่มความหลากหลายในการรักษาทางการแพทย์