มิโซพรอสทอลถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในทางการแพทย์สำหรับการใช้งานที่สำคัญหลายประการ โดยหลักแล้วใช้ในการป้องกันและรักษาแผลในกระเพาะอาหาร โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่ใช้ยาในกลุ่มยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) เป็นเวลานาน ยานี้ทำงานโดยการลดการผลิตกรดในกระเพาะอาหารและเพิ่มการผลิตเมือกป้องกันในเยื่อบุกระเพาะอาหาร ซึ่งช่วยป้องกันการเกิดแผลเป็น

ในสาขาความเชี่ยวชาญด้านนรีเวชวิทยาและสูตินรีเวช มิโซพรอสทอลมักใช้ในการกระตุ้นการเจ็บครรภ์ จัดการภาวะเลือดออกหลังคลอด และช่วยในการทำแท้งทางการแพทย์ ความสามารถในการทำให้มดลูกบีบตัวทำให้มีประสิทธิภาพในสถานการณ์เหล่านี้ สำหรับการกระตุ้นการเจ็บครรภ์ มักใช้เมื่อปากมดลูกยังไม่พร้อมสำหรับการคลอด โดยช่วยทำให้ปากมดลูกสุกและขยายตัว ในกรณีของภาวะเลือดออกหลังคลอด ช่วยควบคุมการเลือดออกมากเกินไปโดยการส่งเสริมการบีบตัวของมดลูก นอกจากนี้ มิโซพรอสทอลยังใช้ร่วมกับยาอื่น ๆ เช่น มิเฟพริสโตน สำหรับการยุติการตั้งครรภ์ทางการแพทย์ในระยะแรก

มิโซพรอสทอลยังถูกนำมาใช้ในการจัดการการแท้งบุตร โดยช่วยขับเนื้อเยื่อการตั้งครรภ์ออกจากมดลูก ลดความจำเป็นในการผ่าตัด ความหลากหลายและประสิทธิภาพในภาวะทางการแพทย์ต่าง ๆ ทำให้เป็นยาที่มีคุณค่าในทางคลินิก อย่างไรก็ตาม ต้องใช้ด้วยความระมัดระวังและภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นและข้อห้ามใช้