อโปรตินินใช้กันอย่างแพร่หลายในงานทางการแพทย์และการวิจัยเนื่องจากความสามารถในการยับยั้งเอนไซม์โปรตีเอส ในศัลยกรรม ใช้เพื่อลดการสูญเสียเลือดและความจำเป็นในการถ่ายเลือด โดยเฉพาะในขั้นตอนหัวใจและกระดูก มันทำงานโดยยับยั้งเอนไซม์เช่นพลาสมินและคัลลิครีน ซึ่งเกี่ยวข้องกับการสลายฟิบรินและการตอบสนองการอักเสบ

ในห้องปฏิบัติการ อโปรตินินใช้เป็นตัวยับยั้งโปรตีเอสเพื่อป้องกันการย่อยสลายโปรตีนระหว่างการแตกเซลล์และการสกัดโปรตีน ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล นอกจากนี้ ยังใช้ในเพาะเลี้ยงเซลล์เพื่อรักษาความสมบูรณ์ของโปรตีนและเปปไทด์

คุณสมบัติต้านการอักเสบทำให้เป็นผู้สมัครสำหรับการศึกษาสภาวะที่มีกิจกรรมโปรตีเอสมากเกินไป เช่น ภาวะตับอ่อนอักเสบและโรคอักเสบบางชนิด โดยรวมแล้ว อโปรตินินมีบทบาทสำคัญทั้งในบริบททางคลินิกและการทดลอง