ฮาโลแฟนทรีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะการติดเชื้อจาก Plasmodium falciparum ซึ่งเป็นที่รู้จักในเรื่องการดื้อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ มีประสิทธิภาพในพื้นที่ที่มีการดื้อยาคลอโรควิน สารประกอบนี้ทำงานโดยการรบกวนความสามารถของปรสิตในการกำจัดพิษของฮีม (heme) ทำให้เกิดการสะสมและนำไปสู่การตายของปรสิต อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีศักยภาพในการก่อให้เกิดผลข้างเคียงต่อหัวใจรุนแรง เช่น ภาวะหัวใจเต้นผิดจังหวะ จึงมักสงวนไว้สำหรับกรณีที่การรักษาอื่นๆ ล้มเหลวหรือไม่เหมาะสม โดยให้ทางปากและมักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงของการพัฒนาการดื้อยา การตรวจติดตามการทำงานของหัวใจอย่างระมัดระวังเป็นสิ่งจำเป็นระหว่างการใช้