ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร หมู่ฟังก์ชันไอโซไซยาไนด์ช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาหลายส่วนประกอบ เช่น ปฏิกิริยา Ugi และ Passerini ซึ่งมีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลซับซ้อนด้วยประสิทธิภาพอะตอมสูง การมีอยู่ของหมู่ซัลโฟนิลและไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความตอบสนองและมีผลต่อลิโพฟิลิก ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบสารชีวภาพที่มีกิจกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเคมีทางการแพทย์สำหรับการกระจายโครงสร้างหลักและการสังเคราะห์ไลบรารีในโครงการค้นพบยา