เบนซิโทเนียมคลอไรด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อและสารยับยั้งเชื้อโรคในผลิตภัณฑ์ดูแลสุขภาพและผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคลต่างๆ มีประสิทธิภาพในการกำจัดแบคทีเรีย เชื้อรา และไวรัส ทำให้เป็นส่วนผสมหลักในน้ำยาฆ่าเชื้อสำหรับมือ สารทำความสะอาดแผล และน้ำยาฆ่าเชื้อพื้นผิว ในอุตสาหกรรมยา ถูกนำเข้าไปในครีมและยาทาเฉพาะที่เพื่อป้องกันการติดเชื้อในบาดแผลเล็กน้อยและแผลไหม้ นอกจากนี้ ยังใช้ในเครื่องสำอางและผลิตภัณฑ์สุขอนามัย เช่น ยาหอมและน้ำยาบ้วนปาก เนื่องจากคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ในสถานที่อุตสาหกรรม ใช้เป็นสารกันบูดในผลิตภัณฑ์น้ำเพื่อยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ กิจกรรมต้านจุลินทรีย์แบบกว้างและความเสถียรทำให้เป็นสารประกอบที่หลากหลายในทั้งการแพทย์และการใช้งานของผู้บริโภค