ไซติดีนมีบทบาทหลักในกระบวนการเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ RNA และการถ่ายโอนพลังงาน เป็นส่วนประกอบพื้นฐานของ RNA ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการแสดงออกของยีนและการสังเคราะห์โปรตีน ในทางการแพทย์ สารอนุพันธ์ของไซติดีนถูกใช้ในยาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง ตัวอย่างเช่น นิวคลีโอไซด์อะนาล็อกที่อิงจากไซติดีนรบกวนการจำลองตัวของไวรัสหรือยับยั้งการเจริญเติบโตของเนื้องอกโดยการรบกวนการสังเคราะห์ DNA และ RNA ในเซลล์ที่ติดเชื้อหรือเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ ไซติดีนยังเป็นส่วนประกอบของไซติดีนโมนูฟอสเฟต (CMP) ซึ่งทำหน้าที่เป็นโมเลกุลส่งสัญญาณในเมแทบอลิซึมของฟอสโฟลิพิด ซึ่งจำเป็นสำหรับการก่อตัวของเยื่อหุ้มเซลล์ นอกจากนี้ ไซติดีนยังถูกศึกษาในด้านผลกระทบทางประสาทป้องกันและการเสริมสร้างความสามารถทางความรู้ความเข้าใจ โดยเฉพาะเมื่อรวมกับสารประกอบอื่น ๆ เช่น ยูริดีน เนื่องจากบทบาทในการสนับสนุนการทำงานของซินแนปส์และสุขภาพสมอง