เบนซีโทเนียม คลอไรด์ ถูกใช้เป็นสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียและสารต้านจุลชีพในผลิตภัณฑ์หลายประเภท โดยทั่วไปพบได้ในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น น้ำยาบ้วนปาก ซึ่งช่วยลดการสะสมของคราบพลัคและป้องกันกลิ่นปาก นอกจากนี้ยังใช้ในสบู่เหลว สบู่ก้อนสำหรับล้างมือ และผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดผิวหนัง เพราะมีฤทธิ์ฆ่าเชื้อได้ดีและคงอยู่บนผิวได้นาน ในทางการแพทย์ เบนซีโทเนียม คลอไรด์ ใช้เป็นส่วนผสมในยาฆ่าเชื้อสำหรับแผล หรือครีมรักษาสิว เนื่องจากช่วยลดแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของสิว รวมถึงใช้ในผลิตภัณฑ์ฆ่าเชื้อพื้นผิว เช่น น้ำยาเช็ดโต๊ะหรือฆ่าเชื้ออุปกรณ์ทางการแพทย์ สารนี้ยังมีคุณสมบัติเป็นสารลดแรงตึงผิว จึงช่วยให้ผลิตภัณฑ์กระจายตัวได้ดีและทำความสะอาดได้ล้ำลึก อย่างไรก็ตาม ควรใช้ในความเข้มข้นที่เหมาะสมเพื่อหลีกเลี่ยงการระคายเคืองผิวหรือเยื่อบุ