เบนซีโทเนียม คลอไรด์ ถูกใช้เป็นสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียและสารต้านจุลชีพในผลิตภัณฑ์หลายประเภท โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น น้ำยาบ้วนปาก สบู่เหลว โฟมล้างมือ และผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดผิวหนัง เนื่องจากมีประสิทธิภาพในการลดจำนวนแบคทีเรียบนผิวหนังและป้องกันการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังใช้ในยาสำหรับรักษาแผลติดเชื้อ หรือผิวหนังอักเสบจากแบคทีเรีย เนื่องจากช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังพบในผลิตภัณฑ์ฆ่าเชื้อพื้นผิวและน้ำยาฆ่าเชื้อในสถานพยาบาลบางชนิด เนื่องจากมีฤทธิ์ยาวนานและคงประสิทธิภาพได้ดีในสภาวะต่าง ๆ