3-Piperazinobenzisothiazole hydrochloride ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาเกี่ยวกับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) ซึ่งช่วยในการสร้างยาต้านโรคจิตและยา neuroleptic ที่มีศักยภาพ คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้เหมาะสำหรับการกำหนดเป้าหมายต่อตัวรับเฉพาะในสมอง ช่วยในการรักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในเคมียารักษาโรคสำหรับศักยภาพในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่ที่มีประสิทธิภาพและโปรไฟล์ความปลอดภัยที่ดีขึ้น