Selegiline HCl ใช้หลักในการรักษาโรคพาร์กินสัน โดยยับยั้งการสลายโดพามีนในสมอง ช่วยรักษาระดับของสารสื่อประสาทนี้ให้สูงขึ้น ซึ่งสำคัญต่อการควบคุมการเคลื่อนไหวและการประสานงาน ส่งผลให้การเคลื่อนไหวดีขึ้นและลดอาการ เช่น อาการสั่น ความแข็งของกล้ามเนื้อ และการเคลื่อนไหวช้า นอกจากนี้ยังใช้เป็นยาช่วยเสริมในการรักษาโรคซึมเศร้าขั้นรุนแรง โดยยับยั้ง monoamine oxidase B (MAO-B) ช่วยเพิ่มระดับสารเคมีในสมองที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมอารมณ์ ซึ่งอาจช่วยบรรเทาอาการซึมเศร้า อีกการนำไปใช้คือในรูปแบบแพทช์ทาผิว สำหรับรักษาโรคซึมเศร้าขั้นรุนแรง วิธีการให้ยานี้ช่วยควบคุมการปล่อยยา ลดความเสี่ยงของผลข้างเคียงบางอย่างที่เกี่ยวข้องกับการรับประทาน นอกจากนี้ยังมีการใช้แบบนอกฉลากสำหรับการเสริมสร้างความสามารถทางความรู้ความเข้าใจ และในการรักษาโรคเสื่อมถอยของระบบประสาทบางชนิด แม้ว่าการใช้เหล่านี้จะไม่ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางและต้องการการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อยืนยัน