สารทอลคลอฟอสมีไธล์ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อราในพืช โดยเฉพาะในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราในพืชผัก ไม้ผล และพืชไร่ นิยมใช้ในการป้องกันและรักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคเน่า โรคใบจุด และโรคโคนเน่า ซึ่งมักพบในพืชหลายชนิด สารนี้มีฤทธิ์ซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดี จึงช่วยป้องกันการติดเชื้อและยับยั้งการแพร่กระจายของเชื้อราได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักใช้ในรูปของเหลวสำเร็จรูปที่สามารถผสมกับน้ำแล้วพ่นทางใบหรือราดโคนต้นไม้ ใช้ได้ทั้งในแปลงเพาะปลูกและโรงเรือน ช่วยเพิ่มผลผลิตและลดความเสียหายจากโรคพืชได้อย่างชัดเจน