ใช้เมตโคนาโซลในการควบคุมโรคเชื้อราในพืช โดยเฉพาะโรคสนิม โรคใบจุด และโรคโคนเน่าในพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ข้าวสาลี มันฝรั่ง และพืชไร่ต่างๆ ช่วยป้องกันและรักษากล้ามเนื้อราที่เกิดจากเชื้อราในดินและในอากาศ นิยมใช้ในรูปของสารละลายฉีดพ่นทางใบ ซึ่งมีประสิทธิภาพในการดูดซึมเข้าสู่พืชและออกฤทธิ์ได้เร็ว ช่วยเพิ่มผลผลิตและลดความเสียหายจากโรคในช่วงฤดูฝนหรือสภาพแวดล้อมที่ชื้น